Испанское завоевание оказало большое влияние на исторические судьбы народов Филиппин. Оно привело к отрыву архипелага от индонезийской историко-этнографической области, и развитие его народов пошло по иному пути, чем в остальных странах этого региона.

Колонизация Филиппин способствовала установлению здесь исторически более прогрессивного феодального строя. Однако складывание новых общественных отношений сопровождалось нанесением значительного урона людским и материальным ресурсам, разрушением самобытной культуры местных народов.

Утверждение испанского колониального господства на Филиппинах сопровождалось антиколониальной борьбой населения. При завоевании Бисайских островов стойкое сопротивление колонизаторам оказали жители Себу, островов Мактана и Тави. Для овладения Манилой испанцам потребовались две военные экспедиции (1570 и 1571 гг.). Город был взят лишь благодаря распрям между его тремя правителями. При завоевании Лусона конкистадоры встретились с упорным сопротивлением населения тагальских районов Пампанги и Илокоса. Испанцы смогли утвердить свою власть на острове только с помощью отрядов, состоящих из воинов с уже завоеванных Бисайских островов.

Стихийные анти испанские выступления не прекращались и после завоевания. Народные восстания в конце XVI — начале XVII в. были связаны с установлением на архипелаге режима энкомиенд (опеки). Энкомендарная система, перенесенная на Филиппины из колоний Испанской Америки, представляла собой форму феодально-крепостнической эксплуатации колониального населения, при которой жители завоеванных территорий отдавались «в опеку» колонизаторам энкомендеро.

Они обязаны были уплачивать им дань, иногда заменявшуюся отработками. Восстания против злоупотреблений энкомендеро происходили вплоть до ликвидации энкомендарной системы (середина XVII в.). Впоследствии на протяжении всего периода испанского господства (до последней четверти XIX в.), основной формой антиколониальной борьбы были стихийные крестьянские бунты. Они не могли поколебать колониальный режим.