Уровень развития производительных сил был неодинаков в различных районах архипелага, что соответствовало пестроте социально-экономических отношений. Однако основу экономики повсюду составляло натуральное хозяйство. В XVI в. в наиболее развитых районах стало намечаться обособление ремесла от земледелия.

Европейцам архипелаг стал известен в 1521 г., когда он был открыт экспедицией Магеллана. Испанцы обосновались на острове Себу, заключив «кровный союз» с одним из влиятельных себуанских правителей. Правитель острова Мактан по имена Лапу-лапу не пожелал подчиниться чужеземцам и выступил против себуанского раджи, поддерживаемого Магелланом. Военное вмешательство испанцев окончилось трагически для Магеллана — он погиб в сражении. Завоевание северных районов Филиппин было начато в 1535 г. испанской экспедицией во главе с Мигелем Лопесом де Легаспи.

Он использовал противоречия между барангаями, усобицы между правителями, сумел привлечь на свою сторону часть местной феодальной и феодализирующейся верхушки. В 1565—1570 гг. испанское господство распространилось на Бисайские острова и Северный Минданао, в 1570—1572 гг. на основные районы Лусона—самого крупного и богатого острова архипелага.

Султанаты Холо и Минданао выстояли против европейской агрессии и сохраняли независимость до середины XIX в. Эти районы развивались изолированно от остальных частей архипелага. В политическом отношении моро (так испанцы называли филиппинские народы, принявшие ислам) представляли силу, резко враждебную испанским колонизаторам и христианизированному ими населению северных районов. Моро совершали опустошительные набеги на соседние христианские территории, нанося немалый ущерб хозяйству и угоняя в плен жителей. В первые годы своего господства испанцы с трудом отражали эти рейды.