Революционные силы возглавил участник Лиги, выходец из городских низов Андрее Бонифасио, ставший во главе тайного общества «Катипунан» (основано в 1892 г.). Оно очень быстро превратилось в массовую революционную организацию. С переходом руководящей роли в антиколониальной борьбе к мелкобуржуазным слоям национально - освободительное движение обрело действительно массовую социальную базу и вступило в новый этап, который завершился национальной революцией 1896-1898 гг.

Ведущую роль в этой революции играло тагальское население Филиппин. Тагальские районы были наиболее развиты экономически и политически. Сложившаяся здесь во второй половине XIX веке местная буржуазия выступила представительницей обще филиппинских интересов. Освобождение этих районов от власти Испании в 1896 г. превратило их в военно-политический и идеологический центр революционного движения филиппинцев.

В 1896—1897 гг. испанское господство было ликвидировано на большей части Лусона. В то же время в революционном лагере происходила борьба между левыми радикальными силами во главе с Андресом Бонифасио и буржуазно-помещичьими группировками во главе с Эмилио Агинальдо, готовыми на капитуляцию перед Испанией из-за боязни роста народной борьбы. Предательское убийство Бонифасио поставило у руководства революцией правые элементы.

В декабре 1897 г. в местечке Биакнабато был подписан договор с испанцами, восстанавливавший господство колонизаторов. Заключение Биакнабатского пакта не смогло, однако, прекратить народное антииспанское движение. Вооруженная борьба на Филиппинах продолжалась и после капитуляции правых. В июне 1898 г., после начала испано-американской войны и разгрома испанского флота в Манильском заливе, была вновь провозглашена независимость Филиппин и сформировано правительство во главе с Агинальдо.