Высшее образование на Филиппинах находится преимущественно в руках частных лиц и корпораций. Около 90% студентов обучаются в частных университетах и колледжах. Наиболее крупные частные учебные заведения — Университет святого Фомы, Силиманский университет, контролируемый иезуитами, Дальневосточный университет и др.

Государству принадлежат два университета: Университет Филиппин (в Кесон-сити, основан в 1908 г.) и открытый в 1961 г. университет в Марави (на острове Минданао). В Университете Филиппин обучается более 14,5 тыс. студентов, это крупнейший научный и культурный центр страны, в последние годы средоточие националистически настроенной прогрессивной интеллигенции.

До сих пор еще для филиппинской школы в целом характерен крайне низкий уровень обучения. В стране отсутствует единый центр по педагогическому образованию, около 1/3 учителей государственных начальных школ и половина учителей средних школ не обладают достаточной профессиональной подготовкой. Сохраняется катастрофическое положение с учебниками — нередко по одному учебнику занимается 4—5 учеников.

Содержание учебников давно устарело и не соответствует требованиям времени, большинство учебных материалов ввозится из США. В 1959/60 учебном году в средних школах обучались по учебникам физики, рекомендованным в 1918 г. Из-за недостатка средств под школы отводятся ветхие здания, классы переполнены (часто более 50 детей занимаются в одном классе).